Formar e capacitar profissionais qualificados para o exercício da prática profissional em Microbiologia Aplicada com ênfase nas áreas de Biotecnologia, Microbiologia Clínica, Ambiental, Industrial e de Alimentos para atender demandas específicas e de arranjos produtivos na melhoria da qualidade, produtividade e competitividade das organizações públicas e privadas nacionais, regionais ou locais quanto ao desenvolvimento de produtos e/ou técnicas com inovação biotecnológica.
Ser uma referencia na área de Microbiologia no setor produtivo no Brasil.
Profissionais do setor público ou privado na área de Microbiologia que em interação com o Programa desenvolvam pesquisas de interesse para o setor produtivo.