(i) Biotecnologia de Alimentos, Ambiental e de Ambientes Especiais
Utilização de micro-organismos em processos de biorremediação, produção de probióticos e sua avaliação em diferentes modelos e ecossistemas animais e humanos. Avaliação e emprego de micro-organismos e seus produtos na fabricação, conservação e deterioração de alimentos. Pesquisa e desenvolvimento de métodos para o controle higiênico-sanitário.
(ii) Biotecnologia Industrial e de Vacinas
Pesquisa, desenvolvimento e utilização de micro-organismos, micro-organismos recombinantes e seus produtos em processos industriais, tais como: produção de biocombustíveis, vacinas, cosméticos, enzimas, fármacos, processos de aferição de controle de qualidade, produção de vacinas e avaliação de novos carreadores e adjuvantes como nanotubos de carbono e outras moléculas sintéticas.
(iii) Ensino em Microbiologia
Pesquisa e desenvolvimento de instrumentação para o ensino em microbiologia nas etapas de ciclo fundamental e básico.
(iv) Diagnóstico microbiológico e epidemiologia
Uso da biotecnologia na pesquisa, desenvolvimento e validação de métodos analíticos, visando ao diagnóstico e ao controle de micro-organismos.