O Departamento de Microbiologia, antes mesmo do início formal de seu Mestrado, já tinha tradição em Pós-graduação, quer por ter incluído tal meta em suas diretrizes de trabalho ou por ter desenvolvido várias teses de Doutorado, Livre Docência, Concurso para Professor Titular e Cátedra.
O Programa de Pós-graduação em Microbiologia (PPGM)da Universidade Federal de Minas Gerais foi idealizado, estruturado e implantado em 1970, tendo sido criado pela resolução do Conselho Universitário de 23 de setembro do mesmo ano. A responsabilidade de sua implantação foi do Departamento de Microbiologia do Instituto de Ciências Biológicas, tendo sido oferecido inicialmente o grau de Mestrado em Microbiologia. A sua idealização e criação teve a participação marcante do Prof. Eduardo O. Cisalpino, então diretor do ICB, tendo sido seu primeiro Coordenador o Prof. José de Alencar. O primeiro ano do curso teve como estudantes a maioria dos professores do departamento com exceção de 3 estudantes, oriundos do CARMI do Instituto de Microbiologia da UFRJ, cuja sede era ainda no bairro da Urca, no Rio de Janeiro. As suas primeiras disciplinas na área de Microbiologia foram ministradas por alguns professores do Instituto de Microbiologia entre os quais os professores Isaac Roitman, Fernando Steele da Cruz, Jayme Angluster, Wilson Chagas de Araújo. A primeira aluna formada no Curso de Mestrado foi Arminda de Jesus Machado, que defendeu sua dissertação em 15/06/73 com o tema: Participação da via alternativa de ativação do sistema do complemento na ação cardíaca dos soros normais, tendo como orientador Prof. Wilmar Dias Silva e membros da banca: Prof. Carlos R. Diniz e Prof. Antônio de O. Lima.
O programa de Mestrado, criado em 1970, tem acomodado estudantes com ampla variedade de objetivos, que se encontram hoje em posições acadêmicas em instituições de nível superior, como também posições técnicas na indústria e em institutos de pesquisa aplicada. A sedimentação do Programa de Mestrado abriu perspectivas para um salto qualitativo maior, que culminou com a criação do programa de Doutorado, pelo parecer do Conselho Universitário em 17/12/92.
A Criação do Programa de Doutorado, dando continuidade à Pós-graduação em Microbiologia, objetivou fundamental e essencialmente a criação de condições para a capacitação de docentes do Ensino Superior para a melhor formação discente, o desenvolvimento de pesquisa básica e aplicada, com perspectivas para a transferência do conhecimento gerado à iniciativa privada, mas principalmente para atender à demanda existente no País e na América Latina por um número maior de pesquisadores qualificados. A existência do Doutorado permitiu aos discentes e aos docentes o envolvimento em projetos de pesquisa de maior profundidade, que tem melhorado a qualidade da pesquisa científica, paralelamente à melhor qualificação discente. A participação na formação de recursos humanos para a Universidade Brasileira, na área de Microbiologia, pode ser avaliada pelo destino dos egressos do Programa que ocupam hoje cargos ou funções nos centros acadêmicos, de saúde ou de biotecnologia mais importantes, não só de Minas Gerais (Belo Horizonte, Diamantina, Governador Valadares, Juiz de Fora, Montes Claros, Ouro Preto, Viçosa, São João Del Rey, Ouro Branco, e Uberaba), como de outros Estados (Bahia, Piauí, Santa Catarina, Sergipe, São Paulo, Paraná e Maranhão, dentre outros), Distrito Federal e países (EUA, Bolívia, Colômbia, África e Venezuela). A primeira defesa de Tese ocorreu em 09/12/1997, pela aluna Anna Bárbara de Freitas Carneiro Proietti, tendo como orientador Prof. Paulo Cesar Peregrino Ferreira e membros da banca examinadora Prof. Maurício Resende, Profa. Mariza Morgado, Prof. Romain Rolland Golgher e Prof. José Roberto Lambertucci. Além disso, cabe ressaltar o número de alunos formados (foram 571 dissertações de Mestrado, de 1973 a Agosto de 2014 e 200 teses de Doutorado de 1997 a Agosto de 2014) e o reconhecimento da comunidade acadêmica do País, que pode ser avaliada pelas consultorias feitas para as diferentes agências de fomento no estado, país e no exterior.
Como o Programa estava consolidado e a demanda para o Mestrado e disciplinas isoladas era muito alta, houve o empenho em criar a Especialização Lato Sensu para atender as demandas da comunidade. O curso criado em 2005 é ministrado na sexta-feira em período noturno e no sábado no período diurno. Este horário permite a atualização de profissionais que buscam se aperfeiçoar e mesmo complementação de informações na área. De 2005 a Agosto de 2014 foram apresentadas 242 monografias. A primeira defesa de Monografia ocorreu em 24/06/2006, pela aluna Amanda Mendonca de Oliveira, tendo como membro(s) da banca examinadora (membros da banca).
A partir de 2013, foi criado o Mestrado em Microbiologia Aplicada (Mestrado Profissional), tendo recebido conceito 5 pela CAPES, sendo que a primeira turma foi matriculada a partir de março de 2014, dando, assim, início a esta nova modalidade de formação profissional, atendendo parcerias entre o PPGM e a iniciativa privada para o desenvolvimento de projetos que atendam as demandas da sociedade.
1970-1972 - José de Alencar - Coordenador
1973-1975 - José Noronha Peres - Coordenador
1975-1976 - Yeddo Peixoto de Figueiredo - Coordenador
1976-1977 - José Noronha Peres - Coordenador
1977-1979 - Luiz Gonzaga de Oliveira - Coordenador
Maria Auxiliadora Roque de Carvalho - Sub-coordenadora
1980-1981 - José Noronha Peres - Coordenador
Edmar Chartone de Souza - Sub-coordenador
1981-1983 - Eduardo Osório Cisalpino - Coordenador
Edmar Chartone de Souza Sub-coordenador
1983-1985 - Eduardo Osório Cisalpino - Coordenador
1985-1987 - Ênio Cardillo Vieira - Coordenador
Matilde Cota Koury Sub-coordenadora
1987-1989 - Ênio Cardillo Vieira - Coordenador
Matilde Cota Koury Sub-coordenadora
1989- 1991 - Eduardo Osório Cisalpino - Coordenador
Matilde Cota Koury - Sub-coordenadora
1991- 1993 - Eduardo Osório Cisalpino - Coordenador
Júnia Soares Hamdan - Sub-coordenadora
1993-1995 - Paulo César Peregrino Ferreira - Coordenador
Valter Robert Linardi - Sub-coordenador
1995-1997 - Paulo César Peregrino Ferreira - Coordenador
Valter Robert Linardi - Sub-coordenador
1997-1999 - Jacques Robert Nicoli - Coordenador
Matilde Cota Koury - Sub-coordenadora
1999-2001 - Jacques Robert Nicoli - Coordenador
Matilde Cota Koury - Sub-coordenadora
2001- 2003 - Matilde Cota Koury - Coordenadora
Erna Geessien Kroon - Sub-Coordenadora
2003-2005 - Erna Geessien Kroon - Coordenadora
Jacques Robert Nicoli - Sub-coordenador
2005-2007 - Erna Geessien Kroon - Coordenadora
Jacques Robert Nicoli - Sub-coordenador
2007-2009 - Maria Aparecida de Resende - Coordenadora
Erna Geessien Kroon - Sub-coordenador
2009-2011 - Cláudio Antônio Bonjardim- Coordenador
Maria Aparecida de Resende - Sub-coordenadora
2011-2014 - Cláudio Antônio Bonjardim- Coordenador
2011 - Edel Figueiredo Barbosa Stancioli - Sub-coordenadora
2011-2014 - Flávio Guimarães da Fonseca - Sub-coordenador
2016-2018 - Flávio Guimarães da Fonseca - Coordenador
2016 - 2018 - Simone Gonçalves dos Santos - Subcoordenadora
1970-1993 - Manuela Enéas Sofonoff
1993-1995 - Ângela Sana Lopes
1995 - 2006 - Maria Cristina de Almeida Prado
2006- 2009 - Douglas Nunes de Oliveira
2011-2014 - Carla Patricia Toledo Maurilio
2014-2015 - Raphaella Camila Guilherme Abreu
2009-ATUAL- Tiago dos Santos Silva
2017-ATUAL - Débora Silva Velloso França
1971-1973: Gilberto Rocha Melo
1973-1974: José de Alencar
Pogirá Peixoto Pena - subchefe
1974-1976: Luiz Gonzaga de Oliveira
1976-1978: Lucy Neves
1978-1908: Lucy neves
Carlos Américo Veiga Damasceno - subchefe
1980-1982: Maria Auxiliadora Roque de Carvalho
Carlos Américo Veiga Damasceno - subchefe
1982-1984: Maria Auxiliadora Roque de Carvalho
Maria Telma dos Santos Vale - subchefe
1984-1986: Pogirá Peixoto Pena
Matilde Cota Koury - subchefe
1988-1990: Valter Roberto Linardi
Maria de Lourdes Petrillo-Peixoto - subchefe
1990-1992: Maria de Lourdes Petrillo-Peixoto
Elizabeth Spangler Andrade Moreira - subchefe
1992-1995: Maria de Lourdes Petrillo-Peixoto
Elizabeth Spangler Andrade Moreira - subchefe
1995-1997: Júnia Soares Hamdan
Luiz de Macêdo Farias - subchefe
1997-1999: Júnia Soares Hamdan
Luiz de Macêdo Farias
1999-2001: Luiz de Macêdo Farias
Erna Geessien Kroon - subchefe
2001-2003: Luiz de Macêdo Farias
Regina Maria Nardi Drummon subchefe
2003-2005 Maria Aparecida Resende
Patricia Silva Cisalpino sub-chefe
2005-2007 - Maria Aparecida Resende
Patricia Silva Cisalpino sub-chefe
2007-2009 - Edel Figueiredo Barbosa Stancioli
Ary Correa Junior- sub-chefe
2009-2011 - Ary Correa Junior
Carlos Augusto Rosa-sub-chefe
2011-2013 - Ary Correa Junior
Carlos Augusto Rosa-sub-chefe
2013 - 2015 - Patrícia Silva Cisalpino
Daniel Assis Santos Sub-chefe
Artur da Silveira Pinto
José Aloysio da Costa Val
Alexandro Cássio Torres de Carvalho (in memorian)
Antônio Maria Godoy
Carlos Américo Veiga Damasceno
Eduardo Osório Cisalpino
Francisco de Assis Soares
Futin Sebastião Nogueira
Gilberto Rocha Melo
José de Alencar
José Américo Teixeira (in memorian)
José Noronha Peres (in memorian)
Laurinda Aparecida Soares
Léa Barg
Lucy Neves
Luiz Fernando Lima Reis
Luiz Gonzaga de Oliveira
Maria das Dores Ferreira
Maria de Lourdes Petrillo Peixoto (in memorian)
Maria das Neves Ramos Vieira (in memorian)
Maria Elizabeth Bernardes Margutti Pinto
Maria Célia Dantas Tavares
Maria Telma dos Santos Valle
Matilde Cota Koury
Pogirá Peixoto Pena
Romain Rolland Golgher
Sueli Bittencourt Drummond
Stanislawa Sofia Goldberg (in memorian)
Sinval Martins Melo
Yasska Kassay Moreira
Yeddo Peixoto de Figueiredo (in memorian)